SSX2 (SSX family member 2)

symbol:
SSX2
locus group:
protein-coding gene
location:
Xp11.22
gene_family:
alias symbol:
HOM-MEL-40|HD21|MGC3884|MGC15364|MGC119055|CT5.2a
alias name:
sarcoma, synovial, X-chromosome-re…
entrez id:
6757
ensembl gene id:
ENSG00000241476
ucsc gene id:
uc004dqz.3
refseq accession:
NM_003147
hgnc_id:
HGNC:11336
approved reserved:
1995-03-06
Xp11.22
基因染色体位置图

SSX2(滑膜肉瘤X断点基因2)属于SSX基因家族,该家族共有9个成员(SSX1-SSX9),均位于X染色体上,具有高度同源性。SSX基因家族的共性包括:编码含有疏水性N端结构域和酸性C端结构域的核蛋白,能与染色质重塑复合物相互作用,参与转录调控。SSX2基因全长约5kb,编码含有188个氨基酸的蛋白质,其表达产物主要定位于细胞核,通过与SS18(原名为SYT)基因融合形成SS18-SSX融合蛋白(在滑膜肉瘤中常见),该融合蛋白异常招募染色质修饰复合物(如SWI/SNF复合物),导致表观遗传失调和致癌基因激活。SSX2在正常组织中表达受限,主要见于睾丸等免疫豁免组织,但在多种恶性肿瘤(如滑膜肉瘤、黑色素瘤、肝癌)中异常表达。其生物学功能涉及胚胎发育调控和细胞增殖,具体机制尚未完全阐明。突变对SSX2的影响主要体现在其融合基因形成上,例如t(X;18)(p11;q11)染色体易位产生的SS18-SSX2融合蛋白会干扰BMP/TGF-β等信号通路,促进肿瘤发生。过表达SSX2可导致细胞周期紊乱和增殖失控,其作为癌睾丸抗原(CTA)的特性还使其能逃避免疫监视;而降低表达则可能影响胚胎发育相关基因的调控。SSX2与滑膜肉瘤的关联最为明确,约30%的病例携带SS18-SSX2融合基因,该融合蛋白通过改变SWI/SNF复合物的靶向性,导致SOX2等干细胞相关基因异常激活。此外,SSX2还作为肿瘤特异性抗原被免疫系统识别,这使其成为癌症疫苗治疗的潜在靶点。需要注意的是,SSX家族成员间存在功能冗余,但SSX2与SSX1在滑膜肉瘤发生中显示出不同的临床病理特征,提示可能存在亚型特异性功能差异。

The product of this gene belongs to the family of highly homologous synovial sarcoma X (SSX) breakpoint proteins. These proteins may function as transcriptional repressors. They are also capable of eliciting spontaneous humoral and cellular immune responses in cancer patients, and are potentially useful targets in cancer vaccine-based immunotherapy. This gene, and also the SSX1 and SSX4 family members, have been involved in t(X;18)(p11.2;q11.2) translocations that are characteristically found in all synovial sarcomas. This translocation results in the fusion of the synovial sarcoma translocation gene on chromosome 18 to one of the SSX genes on chromosome X. The encoded hybrid proteins are likely responsible for transforming activity. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. This gene also has an identical duplicate, GeneID: 727837, located about 45 kb downstream in the opposite orientation on chromosome X. [provided by RefSeq, Jul 2013]

该基因的产物属于家庭高度同源的滑膜肉瘤X(SSX)断点蛋白质。这些蛋白质可以充当转录抑制。它们也能够引发癌症患者自发的体液和细胞免疫应答,且是潜在的癌症基于疫苗免疫治疗的目标。这种基因,也是SSX1和SSX4家庭成员,曾参与T(X; 18)(P11.2; q11.2)易位了在所有的滑膜肉瘤特征性发现。这种易位导致18号染色体上的滑膜肉瘤易位基因融合到SSX基因之一在染色体X的编码杂合蛋白是用于转化的活性可能负责。这个基因的选择性剪接的结果在多个转录变体。该基因也具有相同的重复,GeneID:727837,相距约45 kb的下游在X染色体相反方向[由RefSeq的,2013年7月提供]

SSX2基因的碱基序列:[NCBI]
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SSX2基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs5943733      

SSX2基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CTGATGCGACAGAAGTCTC
58
TTCTTGGGCATGATCTTCG
58
TCATGTGTAATAAACGGGCC
58
GACGTTCAACCTGATTCCC
59
CCTAACCGTGGGAATCAGG
60
TCTTGGGCATGATCTTCGG
60
GAGATCTGGAAATAGGGAGGC
60
ACTGAATCGACCAATGTTGTG
59
GATTAACAAGACATCCGGACC
59
ATAAATCACCAGCTGCTTTCTC
59
CTCTAGAGTTTGGAAACCTTTACC
59
CTTCTTGGGCATGATCTTCG
59
TAATAAACGGGCCGAAGAC
58
ATCTGAGGACGTTCAACCT
58
AGAGATCTGGAAATAGGGAGG
58
CTGAATCGACCAATGTTGTG
58
GTAATAAACGGGCCGAAGAC
59
TCTGAGGACGTTCAACCTG
59
GATTAACAAGACATCCGGACC
59
TAAATCACCAGCTGCTTTCTC
59
转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接(PubMed)
SSX2
MMP2
Unknown

SSX2基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SSX2基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0003676
A0A087WVX7 (UniProtKB)
IEA
GO:0005634
A0A087WVX7 (UniProtKB)
IEA
GO:0006355
A0A087WVX7 (UniProtKB)
IEA
GO:0003676
Q16385 (UniProtKB)
IEA
GO:0003714
Q16385 (UniProtKB)
IBA
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q16385 (UniProtKB)
IPI
GO:0005634
Q16385 (UniProtKB)
IBA
GO:0005634
Q16385 (UniProtKB)
IDA
GO:0006351
Q16385 (UniProtKB)
IEA
GO:0006355
Q16385 (UniProtKB)
NAS
GO:1903507
Q16385 (UniProtKB)
IBA

可能调控 SSX2基因的相关microRNA:     

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
synovial sarcoma 0.282646168 128 0 BeFree_CTD_human_LHGDN_ORPHANET
Peripheral Neuropathy 0.12 1 0 CTD_human
Prostatic Neoplasms 0.12 1 0 CTD_human
Malignant neoplasm of testis 0.005700279 21 0 BeFree
Sarcoma 0.004614512 17 0 BeFree
Liver carcinoma 0.002995792 1 0 BeFree_LHGDN
Carcinogenesis 0.002714419 10 0 BeFree
melanoma 0.002714419 10 0 BeFree
Neoplasm Metastasis 0.001900093 7 0 BeFree
Malignant neoplasm of breast 0.001628651 6 0 BeFree

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