SNIP1 (Smad nuclear interacting protein 1)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
SNIP1
locus group:
protein-coding gene
location:
1p34.3
gene_family:
alias symbol:
PML1
alias name:
PML1 homolog (yeast)
entrez id:
79753
ensembl gene id:
ENSG00000163877
ucsc gene id:
uc001cbi.5
refseq accession:
NM_024700
hgnc_id:
HGNC:30587
approved reserved:
2005-06-06

基因染色体位置

基因染色体位置

1p34.3
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

SNIP1（Smad nuclear interacting protein 1）是一种多功能核蛋白，主要参与调控转录、RNA剪接和DNA损伤修复等关键生物学过程。它通过与多种转录因子（如Smad、c-Myc和p53）相互作用，影响细胞增殖、分化和凋亡。SNIP1在TGF-β信号通路中发挥重要作用，通过结合Smad蛋白调节靶基因表达，从而影响细胞对生长因子的响应。此外，SNIP1还能与剪接因子相互作用，参与mRNA的加工过程，确保基因表达的精确性。SNIP1的突变可能导致其功能异常，进而影响DNA修复和转录调控，与某些癌症（如乳腺癌和结直肠癌）的发生发展相关。过表达SNIP1可能增强其对转录因子的抑制作用，导致细胞周期阻滞或凋亡增加，而降低表达则可能削弱DNA修复能力，增加基因组不稳定性。SNIP1属于一个功能多样的核蛋白家族，其成员通常含有保守的蛋白互作结构域，能够整合多种信号通路并协调基因表达。这一家族的共性包括参与转录调控、RNA代谢和维持基因组稳定性，对细胞的正常功能至关重要。

This gene encodes a protein that contains a coiled-coil motif and C-terminal forkhead-associated (FHA) domain. The encoded protein functions as a transcriptional coactivator that increases c-Myc activity and inhibits transforming growth factor beta (TGF-beta) and nuclear factor kappa-B (NF-kB) signaling. The encoded protein also regulates the stability of cyclin D1 mRNA, and may play a role in cell proliferation and cancer progression. Mutations in this gene are a cause of psychomotor retardation, epilepsy, and craniofacial dysmorphism (PMRED). [provided by RefSeq, Mar 2012]

这个基因编码包含卷曲螺旋基序和C-末端叉头相关（FHA）结构域的蛋白质。所编码的蛋白质的功能作为转录辅激活物，增加c-Myc的活性和抑制转化生长因子β（TGF-β）和核因子kappa-B（NF-κB的）信令。所编码的蛋白质也调节蛋白D1 mRNA的稳定性，并可能在细胞增殖和癌症进展中的作用。在这个基因的突变是精神运动迟缓的原因，癫痫，和颅面异形（PMRED）。 [由RefSeq的，2012年3月提供]

OMIM数据库中对SNIP1基因的介绍     Wikipedia数据库中对SNIP1基因的介绍

基因序列

基因序列

SNIP1基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

SNIP1基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs34209829       rs61749964       rs61776187       rs61776188       rs79209094       rs111338336       rs113818355       rs115467275       rs115893781       rs116519477       rs140836733       rs144758313       rs150845907       rs180975538       rs183567065       rs188216871       rs188218458      

基因表达

基因表达

SNIP1基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TCAAAGTGAAGCAGTCCGT
60
GCCATGTGGAACTGTAAGTC
59
GAATGAAGGCGGTGAAGAG
59
ACTTGCTTCTTCTCCCTGAG
60
TCTTTCAATATCGGCTTGTGG
59
CAAGGTCAATGATGTAGGGC
59
GTCTTTCAATATCGGCTTGTG
58
AAGGTCAATGATGTAGGGC
57
GTCAAAGTGAAGCAGTCCG
59
GGAACTGTAAGTCCATTAAACCTC
60
GAATGAAGGCGGTGAAGAG
59
CTTGCTTCTTCTCCCTGAG
58
CTTTCAATATCGGCTTGTGG
57
CCAAGGTCAATGATGTAGGG
58
TCAAAGTGAAGCAGTCCGT
60
GGAACTGTAAGTCCATTAAACCTC
60
GAATGAAGGCGGTGAAGAG
59
TTGCTTCTTCTCCCTGAGG
59

转录因子

转录因子

转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接（PubMed）
SNIP1
CCND1
Unknown
17260016
SNIP1
MYC
Unknown
17157259

基因本体信息

SNIP1基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SNIP1基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005515
Q8TAD8 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q8TAD8 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q8TAD8 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q8TAD8 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q8TAD8 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q8TAD8 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q8TAD8 (UniProtKB)
IPI
GO:0005654
Q8TAD8 (UniProtKB)
IDA
GO:0005737
Q8TAD8 (UniProtKB)
IDA
GO:0006355
Q8TAD8 (UniProtKB)
IEA
GO:0007249
Q8TAD8 (UniProtKB)
IEA
GO:0035196
Q8TAD8 (UniProtKB)
IMP
GO:0044822
Q8TAD8 (UniProtKB)
IDA
GO:1903955
Q8TAD8 (UniProtKB)
IMP

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 SNIP1基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
PSYCHOMOTOR RETARDATION, EPILEPSY, AND CRANIOFACIAL DYSMORPHISM 0.24 1 1 CLINVAR_UNIPROT
Non-Small Cell Lung Carcinoma 0.000542884 2 0 BeFree
Malignant neoplasm of lung 0.000271442 1 0 BeFree
Carcinoma of lung 0.000271442 1 0 BeFree
Squamous cell carcinoma of tongue 0.000271442 1 0 BeFree
Carcinogenesis 0.000271442 1 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

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