HDAC5 (histone deacetylase 5)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
HDAC5
locus group:
protein-coding gene
location:
17q21.31
gene_family:
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KIAA0600|NY-CO-9|FLJ90614
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None
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10014
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NM_001015053
hgnc_id:
HGNC:14068
approved reserved:
2000-11-28

基因染色体位置

基因染色体位置

17q21.31
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

HDAC5（组蛋白去乙酰化酶5）属于组蛋白去乙酰化酶（HDACs）家族中的IIa类成员，该家族主要功能是通过去除组蛋白上的乙酰基团来调控基因表达。组蛋白乙酰化通常与基因激活相关，而去乙酰化则导致染色质紧缩和基因沉默。HDAC5主要在细胞核中发挥作用，参与多种生物学过程，包括细胞分化、代谢调控、肌肉发育和心脏功能。它通过与转录因子（如MEF2）和其他辅阻遏蛋白相互作用来抑制靶基因的表达。HDAC5的突变或异常表达与多种疾病相关，例如心血管疾病、神经退行性疾病和癌症。突变可能导致其功能丧失或获得异常功能，进而影响正常的基因调控网络。在心血管系统中，HDAC5的缺失或功能异常可能导致心肌肥厚和心力衰竭。在癌症中，HDAC5的过表达可能通过抑制肿瘤抑制基因来促进肿瘤生长，而降低表达则可能恢复这些基因的功能。HDAC家族（尤其是IIa类）的共性包括依赖锌离子进行酶活性和参与发育及疾病相关的信号通路。HDAC5的过表达可能导致某些基因的过度沉默，影响细胞分化和增殖，而降低表达可能引起染色质结构松弛和基因异常激活。此外，HDAC5还参与调控炎症反应和免疫细胞功能，其表达水平的变化可能影响免疫相关疾病的发展。在神经系统中，HDAC5的活性与突触可塑性和记忆形成有关，其失调可能与阿尔茨海默病等神经退行性疾病相关。

Histones play a critical role in transcriptional regulation, cell cycle progression, and developmental events. Histone acetylation/deacetylation alters chromosome structure and affects transcription factor access to DNA. The protein encoded by this gene belongs to the class II histone deacetylase/acuc/apha family. It possesses histone deacetylase activity and represses transcription when tethered to a promoter. It coimmunoprecipitates only with HDAC3 family member and might form multicomplex proteins. It also interacts with myocyte enhancer factor-2 (MEF2) proteins, resulting in repression of MEF2-dependent genes. This gene is thought to be associated with colon cancer. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

组蛋白中转录调节，细胞周期进程，并发育事件中起关键作用。组蛋白乙酰化/脱乙酰化改变染色体结构，影响到DNA的转录因子的访问。由该基因编码的蛋白质属于II类组蛋白脱乙酰/ ACUC / APHA家族。它具有组蛋白脱乙酰酶活性和时拴启动子阻抑转录。它仅免疫共沉淀与HDAC3的家庭成员，并可能形成multicomplex蛋白质。它还与肌细胞增强因子-2（MEF2）蛋白相互作用，导致MEF2依赖基因抑制。该基因被认为是与结肠癌有关。已发现该基因编码不同亚型的两个转录变异体。 [由RefSeq的，2008年7月提供]

OMIM数据库中对HDAC5基因的介绍     Wikipedia数据库中对HDAC5基因的介绍

基因序列

基因序列

HDAC5基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

HDAC5基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs850857       rs12940219       rs75348970       rs140717555       rs145892930       rs184994124       rs187836090       rs200763380       rs529901904       rs530743211       rs541118040       rs544172130       rs548052084       rs551753739       rs555232749       rs556490009       rs559818076      

基因表达

基因表达

HDAC5基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
AGCTCAAGAATGGATTTGCC
59
AGAGTTGAAGAAGCAGAATCC
58
TACAAACTGCCTTTGCCTG
58
CTGAGGGAGCATCTCAGTG
59
ACCAACTCACACCTCACTG
59
AGCCAGGAATAGAGGATGTG
59
TCTGCTCAGTGTAGAGCTG
58
ATGACTTTCTCTAGCGTGG
57
AACCATCCTTGGAAATCCTG
57
TTCACCTCCACTGTCACAG
59
ACCAACTCACACCTCACTG
59
CCAGGAATAGAGGATGTGCT
59
AGCTCAAGAATGGATTTGCC
59
GAGTTGAAGAAGCAGAATCCC
59
CCATCCTTGGAAATCCTGC
58
TTCACCTCCACTGTCACAG
59
CTACGACAGTCGAGACGAC
59
CTGAGGGAGCATCTCAGTG
59
CTCTGCTCAGTGTAGAGCT
58
TGACTTTCTCTAGCGTGGC
59

转录因子

转录因子

转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接（PubMed）
HDAC5
FGF2
Repression
19351956
HDAC5
IGF2
Unknown
19666599
HDAC5
MEF2A
Repression
15194749
HDAC5
MEF2A
Unknown
10748098
HDAC5
SLC2A1
Activation
22991226
HDAC5
SLC2A4
Repression
22991226
HDAC5
SLC2A4
Unknown
23899560
HDAC5
SLIT2
Repression
19351956
HDAC5
WT1
Repression
18064385
HDAC5
YY1
Activation
18632988

基因本体信息

HDAC5基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

HDAC5基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0004407
K7EJL4 (UniProtKB)
IEA
GO:0005634
K7EJL4 (UniProtKB)
IEA
GO:0005737
K7EJL4 (UniProtKB)
IEA
GO:0016575
K7EJL4 (UniProtKB)
IEA
GO:0040029
K7EJL4 (UniProtKB)
IEA
GO:0000118
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0000122
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0000122
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0000122
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0000122
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0001025
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0001047
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0003682
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0004407
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0005080
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
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Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
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Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
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Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
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Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
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Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
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Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
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Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
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Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
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Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0005634
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0005634
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0005654
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0005654
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0005737
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0005737
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0005737
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0005794
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0006325
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0006338
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0006342
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0006351
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0006476
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0006954
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0008134
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0008134
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0010830
Q9UQL6 (UniProtKB)
ISS
GO:0010832
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0010832
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0014823
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0016568
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0016575
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA
GO:0030182
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0030183
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0032041
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0032869
Q9UQL6 (UniProtKB)
NAS
GO:0033558
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0040029
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0042113
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0042220
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0042493
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0042826
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0043393
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0045892
Q9UQL6 (UniProtKB)
TAS
GO:0045944
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0046872
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0051091
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0070491
Q9UQL6 (UniProtKB)
IPI
GO:0070932
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0071222
Q9UQL6 (UniProtKB)
IEA
GO:0090051
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:2000615
Q9UQL6 (UniProtKB)
IMP
GO:0044212
Q9UQL6 (UniProtKB)
IDA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 HDAC5基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

Reactome

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Adjustment Disorders 0.12 1 0 CTD_human
Familial primary pulmonary hypertension 0.12 1 0 CTD_human
Cocaine-Related Disorders 0.12 1 0 CTD_human
Acute kidney injury 0.08 1 0 RGD
Pulmonary Hypertension 0.08 1 0 RGD
Depressive disorder 0.08 1 0 RGD
Right Ventricular Hypertrophy 0.08 1 0 RGD
Infarction, Middle Cerebral Artery 0.08 1 0 RGD
Attention deficit hyperactivity disorder 0.08 1 0 RGD
Diabetic Nephropathy 0.08 1 0 RGD

基因相关服务

基因相关服务

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山东省济南市高新区舜华路750号大学科技园北区F座4单元2楼

电话： 0531-88819269

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