FENDRR (FOXF1 adjacent non-coding developmental regulatory RNA)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
FENDRR
locus group:
non-coding RNA
location:
16q24.1
gene_family:
Long non-coding RNAs (published)
alias symbol:
lincFOXF1|onco-lncRNA-21
alias name:
None
entrez id:
400550
ensembl gene id:
ENSG00000268388
ucsc gene id:
uc021tmg.2
refseq accession:
NR_033925
hgnc_id:
HGNC:43894
approved reserved:
2012-04-25

基因染色体位置

基因染色体位置

16q24.1
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

FENDRR（FOXF1 Adjacent Non-Coding Developmental Regulatory RNA）是一种长链非编码RNA（lncRNA），位于人类染色体16q24.1区域，靠近FOXF1基因。它主要在胎盘、肺和心脏等组织中表达，尤其在胚胎发育过程中发挥重要作用。FENDRR通过表观遗传调控影响邻近基因的表达，例如通过招募PRC2（多梳抑制复合物2）等染色质修饰复合物来抑制靶基因的转录。FENDRR在调节中胚层分化、心脏发育和血管形成中具有关键功能，其异常表达与多种疾病相关。FENDRR的突变或表达异常可能导致发育缺陷，例如先天性心脏病或肺发育不全。研究表明，FENDRR的下调可能促进某些癌症（如胃癌和肺癌）的进展，因为它通常作为肿瘤抑制因子发挥作用，抑制细胞增殖和迁移。相反，过表达FENDRR可能通过调控Wnt/β-catenin或TGF-β等信号通路影响组织修复和纤维化过程。FENDRR属于长链非编码RNA家族，这类RNA通常不编码蛋白质，但通过调控基因表达、染色质重塑和信号通路参与多种生物学过程。FENDRR的独特之处在于其发育调控功能，特别是在中胚层衍生组织的形成和维持中。该基因的深入研究有助于理解发育障碍和癌症的分子机制，并为相关疾病的治疗提供潜在靶点。

This gene produces a spliced long non-coding RNA transcribed bidirectionally with FOXF1 on the opposite strand. A similar gene in mouse is essential for normal development of the heart and body wall. The encoded transcript is thought to act by binding to polycomb repressive complex 2 (PRC2) and/or TrxG/MLL complexes to promote the methylation of the promoters of target genes, thus reducing their expression. It has been suggested that this transcript may play a role in the progression of gastric cancer. Alternatively spliced transcript variants have been identified. [provided by RefSeq, Mar 2015]

该基因产生的相反链与FOXF1双向转录的拼接长链非编码RNA。在鼠标相似的基因对心脏和体壁的正常发展至关重要。所编码的转录物被认为通过结合到聚梳子压制性络合物2（PRC2）和/或TrxG / MLL络合物以促进靶基因的启动子的甲基化，从而降低了它们的表达行事。有人建议，该转录物可以在胃癌的进展中发挥作用。可变剪接转录物变体也已确定。 [由RefSeq的，2015年3月提供]

OMIM数据库中对FENDRR基因的介绍     Wikipedia数据库中对FENDRR基因的介绍

基因序列

基因序列

FENDRR基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

FENDRR基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs39520       rs39521       rs39522       rs39523       rs39524       rs39525       rs39526       rs39527       rs39528       rs39529       rs39530       rs39531       rs39532       rs39533       rs39534       rs39535       rs39536      

基因表达

基因表达

FENDRR基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
AGACCCAGGATTTGTGAAGAG
60
TTTGACAGTGATGCAGTTGC
60
AATCCAAGGATTTGTGAAGAGG
59
TTGACAGTGATGCAGTTGC
59
AGACCCAGGATTTGTGAAGAG
60
TTTGACAGTGATGCAGTTGC
60
CTGAACAACCTATGGCCTG
58
GATACCATCACTGTGTCGG
58
CCAAGTGAGAAACTGAAGACC
59
GGTCAGTTGTGCCAAACTG
60
GATGCAAACGGATTTGCCA
60
GGTCTTCAGTTTCTCACTTGG
59
ATGCAGTCGTAGATAACCAG
57
TGCTAACTTCTTTGCTTCTCTG
59
CCAAGTGAGAAACTGAAGACC
59
GGTCAGTTGTGCCAAACTG
60
ACAGACCCAGTGAGAAACTG
60
AGAAATTCGAGAGGAGCAGG
60
CAGACCCAGTGAGAAACTG
58
GAAATTCGAGAGGAGCAGG
58

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

FENDRR基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

FENDRR基因的本体（GO）信息：

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 FENDRR基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Neoplasm Metastasis 0.000271442 1 0 BeFree
Stomach Carcinoma 0.000271442 1 0 BeFree
Malignant neoplasm of stomach 0.000271442 1 0 BeFree
Lymphatic Metastasis 0.000271442 1 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

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