COLCA1 (colorectal cancer associated 1)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
COLCA1
locus group:
non-coding RNA
location:
11q23.1
gene_family:
alias symbol:
FLJ45803|CASC12
alias name:
cancer susceptibility candidate 12
entrez id:
399948
ensembl gene id:
ENSG00000196167
ucsc gene id:
None
refseq accession:
NR_169237
hgnc_id:
HGNC:33789
approved reserved:
2009-03-03

基因染色体位置

基因染色体位置

11q23.1
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

COLCA1（Colorectal Cancer Associated 1）是一个与结直肠癌相关的基因，其表达产物在细胞中的具体生物学功能尚未完全明确，但研究表明它可能在细胞增殖、分化或肿瘤发生中发挥作用。该基因的主要作用位点可能在肠道上皮细胞，特别是在结直肠组织中，其异常表达与结直肠癌的发生发展密切相关。突变或表达异常可能导致细胞周期调控紊乱，促进肿瘤生长。COLCA1属于一个尚未完全定义的基因家族，可能与某些癌症相关基因家族有相似性，这些家族通常参与细胞信号传导、增殖或凋亡调控。如果COLCA1过表达，可能促进肿瘤细胞的增殖和侵袭能力，而降低表达则可能抑制肿瘤进展或恢复正常的细胞功能。目前研究还发现COLCA1的表达水平与结直肠癌的预后相关，高表达可能预示较差的临床结局。由于研究仍在进行中，其具体机制和与其他基因的相互作用还需进一步探索。该基因的发现为结直肠癌的早期诊断和治疗靶点提供了潜在方向。

This gene encodes a transmembrane protein that localizes to granular structures, including crystalloid eosinophilic granules and other granular organelles. This gene, along with an overlapping opposite strand gene, has been implicated as a susceptibility locus for colorectal cancer. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Nov 2014]

该基因编码定位于粒状结构，包括晶体嗜酸性颗粒等颗粒状细胞器跨膜蛋白。这个基因，与重叠相反链基因一起，已被认为是一个易感基因为结肠直肠癌。这个基因的选择性剪接的结果在多个转录变体。 [由RefSeq的，2014年11月提供]

OMIM数据库中对COLCA1基因的介绍     Wikipedia数据库中对COLCA1基因的介绍

基因序列

基因序列

COLCA1基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

COLCA1基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs10244       rs1054768       rs1054791       rs3802840       rs3802841       rs3802842       rs3833764       rs4245174       rs4512891       rs4520624       rs4608113       rs5794739       rs6589218       rs6589219       rs6589220       rs7103178       rs7105857      

基因表达

基因表达

COLCA1基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TATTTCCAGGATTCAAGACCAG
58
GAACTCAGAGAATAAACAGCAG
57
CCACTCTGATTAGGTCGGG
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
GATGAGGACTATGTTTCTTTCTGC
60
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
ATTTCACAAAGCATCCGGC
60
ACTCAAACCTATACCCGAAGG
59
GGTTCCAGGAGTTAGGGTC
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
TGAGGACTATGTTTCTTTCTGC
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
ACAATGACAAGTTTGGCTCC
59
GGCTTGAACCTAAGTCCAC
58
ATTTCACAAAGCATCCGGC
60
CTCAAACCTATACCCGAAGGT
59
GTTCCAGGAGTTAGGGTCTC
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
GGAACCTTGGCTTTCAGAC
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

COLCA1基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

COLCA1基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0016020
Q6ZS62 (UniProtKB)
IDA
GO:0016021
Q6ZS62 (UniProtKB)
IEA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 COLCA1基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Colorectal Cancer 0.125276948 8 3 BeFree_GAD_GWASCAT
Colorectal Carcinoma 0.000542884 2 2 BeFree
Colon Carcinoma 0.000271442 1 0 BeFree
Malignant tumor of colon 0.000271442 1 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

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