CASC16 (cancer susceptibility 16)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
CASC16
locus group:
non-coding RNA
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16q12.1-q12.2
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LOC643714
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643714
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HGNC:48608
approved reserved:
2013-05-24

基因染色体位置

基因染色体位置

16q12.1-q12.2
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

CASC16（Cancer Susceptibility Candidate 16）是一个长链非编码RNA（lncRNA）基因，位于人类染色体8q24.21区域。该基因在多种生物学过程中发挥作用，包括细胞增殖、分化和凋亡调控。CASC16的表达产物不编码蛋白质，而是通过调控其他基因的表达或与蛋白质相互作用来发挥功能。其主要作用位点包括染色质修饰复合物和转录因子结合位点，通过表观遗传学机制影响下游基因的活性。CASC16的突变可能导致其调控功能异常，与多种癌症的易感性相关，特别是乳腺癌、前列腺癌和结直肠癌。研究表明，CASC16的某些单核苷酸多态性（SNPs）与癌症风险增加显著相关。CASC16属于一个较大的lncRNA基因家族，这些家族成员通常通过调控染色质结构、转录因子活性或作为竞争性内源RNA（ceRNA）来影响基因表达网络的平衡。当CASC16过表达时，可能促进细胞周期进程和增殖，增加肿瘤发生的风险；而降低表达则可能导致细胞凋亡增加或分化异常，影响组织稳态。CASC16与邻近的MYC癌基因存在调控关系，可能通过影响MYC的表达水平来参与肿瘤发生。此外，CASC16还参与干细胞的维持和分化过程，其表达失调可能与发育异常相关。在疾病方面，除了癌症，CASC16的表达变化还与心血管疾病和某些代谢紊乱有关。该基因的表达具有组织特异性，在乳腺、前列腺和结肠等组织中表达较高，这可能解释了它与特定癌症类型的关联。研究人员正在探索以CASC16为靶点的诊断标志物和治疗策略，特别是在癌症早期检测和个性化医疗中的应用潜力。

None

无

OMIM数据库中对CASC16基因的介绍     Wikipedia数据库中对CASC16基因的介绍

基因序列

基因序列

CASC16基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

CASC16基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs2335       rs3481       rs1109951       rs1112135       rs3104743       rs3104744       rs3104745       rs3104746       rs3104747       rs3104748       rs3104749       rs3104750       rs3104751       rs3104752       rs3104753       rs3104754       rs3104755      

基因表达

基因表达

CASC16基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
ACGGAGTAGTGCTCTTCTC
59
TGAAGGCTCTGTACCTCTG
58
AAGGGAAGCTGTCTCTTAGC
60
TGAACAATGAAAGCTGAAGACC
60
CTAGAGACGGTGGAAACCA
59
GACTTCAAAGTCCTGACTCC
58
AAGGGAAGCTGTCTCTTAGC
60
AACAATGAAAGCTGAAGACCC
59
TCTAGAGACGGTGGAAACC
58
ACTTCAAAGTCCTGACTCCA
59
CGGAGTAGTGCTCTTCTCC
59
TGAAGGCTCTGTACCTCTG
58
AAGGGAAGCTGTCTCTTAGC
60
CAATGAAAGCTGAAGACCCAG
60
TTCTAGAGACGGTGGAAACC
59
CTTCAAAGTCCTGACTCCAC
58
CGGAGTAGTGCTCTTCTCC
59
GAAGGCTCTGTACCTCTGC
60

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

CASC16基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

CASC16基因的本体（GO）信息：

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 CASC16基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Malignant neoplasm of breast 0.127915422 17 4 BeFree_GAD_GWASCAT
Restless Legs Syndrome 0.12 1 1 GWASCAT
Malignant neoplasm of ovary 0.002367032 1 0 GAD
Breast Carcinoma 0.000814326 3 1 BeFree
Mammographic Density 0.000271442 1 3 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

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